技術文章
標準曲線是實現絕對定量的基礎,其核心是建立已知拷貝數與檢測信號(Ct值)之間的精確對應關系。構建一條高質量的標準曲線,需遵循以下關鍵步驟:
制備高純度標準品:首先,需要合成或制備已知序列的目標miRNA,并通過精確的濃度測定(如紫外分光光度法)和拷貝數換算,獲得初始標準品。
進行梯度稀釋:將標準品按等比例(如10倍)進行系列稀釋,通常至少設置5-7個濃度梯度,覆蓋樣本中目標miRNA可能的表達范圍。稀釋過程必須精準且一致,避免產生誤差累積。
執行qPCR反應:將每個梯度的標準品作為模板,在相同的反應條件下進行熒光定量PCR檢測,記錄每個濃度的Ct值。
繪制與評估標準曲線:以標準品拷貝數的對數值為橫坐標,測得的Ct值為縱坐標,繪制標準曲線。評估曲線質量的關鍵指標包括:
相關系數(R²):反映曲線的線性關系,理想的R²應大于0.99,越接近1,說明定量越準確。
擴增效率(Efficiency):由斜率計算得出,理想的擴增效率應在90%-110%之間。效率過高可能提示有引物二聚體干擾,過低則可能反應條件不佳。
待測樣本的Ct值代入這條已驗證的標準曲線,即可換算出其初始模板中目標miRNA的絕對拷貝數或濃度。
對于大多數基因表達研究,相對定量是更常用的方法,其準確性高度依賴于內參基因的穩定性。內參基因相當于“分子天平”,用以校正樣本間在RNA提取、反轉錄效率上的差異。篩選理想內參基因的策略如下:
選取候選基因:選擇多個在樣本中普遍表達且表達水平相對恒定的miRNA作為候選,如U6 snRNA、SNORD44(又稱RNU44)、SNORD48(又稱RNU48)等,具體選擇需結合樣本類型(如組織、血清、細胞)參考相關文獻。
評估表達穩定性:通過預實驗檢測所有候選基因在實驗各組樣本中的Ct值。理想的穩定內參,其Ct值在不同樣本組間的波動應非常小。
借助算法軟件:單純憑肉眼觀察不夠嚴謹,可借助專門的算法工具(如geNorm、NormFinder、BestKeeper)對候選基因的穩定性進行評分。這些軟件能分析基因的表達變異,推薦最穩的組合。例如,geNorm可以通過計算平均表達穩定值M,篩選出M值低(通常<1.5)的基因。
使用組合內參:為了降低偏差,現代研究常建議使用2-3個穩定內參基因的幾何平均數作為最終的校正因子,這比依賴單個內參更穩健。
總而言之,無論是選擇外參法構建精準的標準曲線,還是篩選穩定的內參基因進行相對定量,其根本目的都是為了在復雜樣本中還原miRNA表達的真實面貌。一套嚴謹的驗證流程,是確保后續所有生物學解讀和結論堅實可信的前提。
miRNA熒光定量檢測服務
產品介紹
Real Time PCR,即實時熒光定量PCR,也被稱為定量PCR或qPCR,是一種在DNA擴增反應中,以熒光化學物質測每次聚合酶鏈式反應(PCR)循環后產物總量的方法。通過內參或者外參法對待測樣品中的特定DNA序列進行定量分析的方法
由于定量PCR具有操作簡單、快速方便、靈敏度高、重復性好、污染率低等優點,被廣泛應用于醫學檢測、藥物療效考核、基因表達研究、轉基因研究、基因檢測、病原體檢測、動植物檢測、食品檢測等各種領域
實驗原理
所謂實時熒光定量PCR技術,是指在PCR反應體系中加入熒光基團,利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程,最后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法
實時熒光定量PCR技術類型概述: DNA結合染料法, 基于探針的化學法, 猝滅染料引物法
實驗應用
DNA及RNA定量;基因表達驗證;等位基因鑒別;SNP分型;病原體和病毒檢測;多重PCR
實驗結果



關注公眾號